作为推动新千年基础科学研究的重要战略步骤和作为知识创新工程中的一个试点，中国科学院于1999年11月27日成立了神经科学研究所。神经科学研究所致力于神经科学基础研究的各个领域，包括分子、细胞和发育神经生物学、系统和认知神经科学科学、以及脑疾病机理和诊治手段研发。研究所的宗旨是建立一个现代化研究所的机制，提供一个有助于严谨科研工作，高效科研产出，良性科研合作的环境，实现以业绩为准的激励和资助评估系统，以及为研究生和博士后提供高质量的专业训练。2014年起，神经科学研究所在中国科学院体制与机制改革的框架下，成为中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心(简称中国科学院脑智卓越中心)的依托单位。脑智卓越中心是跨学科、跨院校的组织（见另一网站:http://www.cebsit.ac.cn/）,旨在凝聚中国科学院内外的科研实力，通过团队合作和学科交叉融合，解决在脑科学和类脑智能技术两个前沿领域的重大问题。
神经科学研究所目前拥有50个研究组，每个研究组由不超过五名的工作人员与数目不等的研究生和博士后组成。许多研究组与国内外的同行有合作研究，长期合作者被聘为神经所的客座研究员。中国科学院、国家科技部、基金委等对研究所的资助，使研究所研究人员的经费和仪器设备已达到国际前沿机构的水平。由著名神经科学家组成的国际顾问委员会和评审委员会，定期为神经所的体制机制、科研工作提供建议，对提高研究所的整体科研水平起了积极的推动作用。
回顾神经所20年来的发展，大致可以分三个时期：2000-2005间是“起步期”。在这个期间的主要目标是建立几个高水平的实验室，出一些高质量的文章，建立严谨的研究员考评和研究生培养制度。2005-2015的十年可以说是“成长期”；基于起步期所建立的声誉，我们能够大幅度地招聘到一批优秀的研究组长，拓展神经所的研究领域，尤其是系统和认知神经科学和非人灵长类研究领域。我们希望2016年以后的二十年是神经所的“突破期”，在中国科学院脑智卓越中心的框架下，在几个神经科学的前沿领域做出国际领先的重大成果，包括绘制灵长类全脑介观神经联接图谱、阐明几种高级认知功能的神经环路工作原理、创建几种重大脑疾病的猕猴模型和诊断与干预手段、类脑机器学习的新算法、闭环脑机接口的器件和系统等。有些基础科学的创新发现是“可遇不可求”，但是上述的重大突破，是“有求才可遇”。有求的模式需要有明确的目标和里程碑，并能聚集多实验室、多学科的力量以团队模式攻关。神经所在2017年底突破了体细胞克隆猴的生物技术难题，就是一个例子。
对大脑的结构和功能的理解是人类认识世界、认识自我的最终挑战；神经科学将是21世纪最活跃的前沿基础学科。过去几十年神经科学研究在欧美发达国家发展迅速，在上海的中国科学院神经科学研究所为中国神经科学家提供了一个立足于本土，并与国际同行合作和平等竞争的机会。神经所科研人员和学生的活力和热情预示了中国神经科学的未来是光明的。
