1999年11月27日，中国科学院神经科学研究所成立，蒲慕明任所长
2000年9月1日，中国科学院神经科学研究所独立承担科技部973项目《脑发育和可塑性的基础研究》
2003年11月29日，中国科学院神经科学研究所第一次研究组国际评估
2005年11月20日，蒲慕明获得中华人民共和国国际科学技术合作奖
2007年8月7日，神经科学国家重点实验室批准筹建
2009年3月7日，获得中国科学院稳定支持试点
2009年6月1日，中国科学院神经科学研究所成立非人灵长类平台
2011年1月1日，牵头承担科技部973计划重大科学问题导向项目《人类智力的神经基础》
2011年7月19日，神经科学国家重点实验室首次参加评估，评估结果为优秀
2012年1月12日，《神经发育与可塑性研究》获得2011年中国科学院杰出科技成就奖（集体）
2013年7月10日，部分实验室搬迁至新建成的生命科学实验楼
2014年1月21日，中国科学院脑科学卓越创新中心成立
2014年8月21日，中国科学院灵长类神经生物学重点实验室批准建设
2015年6月5日，融合智能技术领域，更名为中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心
2017年6月29日，神经科学国家重点实验室参加评估，评估结果为优秀
2017年11月27日，世界首例体细胞克隆猴“中中”诞生
2018年2月25日，国际灵长类脑研究中心成立
2018年7月18日，G60脑智科创基地成立
2019年7月9日，举办第一届国际灵长类神经生物学暑期学校
2019年11月18日-19日，举办介观脑联接图谱国际研讨会
