研究生奖助学金的设置，包括国家助学金、国家奖学金、中国科学院奖学金、国科大学业奖学金、“助研/助教/助管”岗位津贴（简称“三助津贴”）。
“国家助学金”，按照国家财政拨款统一标准实行。现行资助标准为，博士生15000元/年？生, 硕士生6000元/年？生，覆盖100%研究生，按月发放至国科大统一办理的建设银行卡中。
“国科大学业奖学金”，由国科大统筹国家财政拨款和学费收入设立，面向按统一规定缴纳学费的全日制研究生。现执行标准为：博士生13000元/年？生、硕士生8000元/年？生。
“三助津贴”，是指由研究所、实验室、导师等根据工作需要，设置的"助研/助教/助管"岗位及相应津贴，并按照所里规定进行发放。
“国家奖学金”，按照当年国家财政拨款额度及要求实施。现行标准为：博士生3万元/生、硕士生2万元/生，覆盖约2-3%研究生，每年9-10月开展评选工作。
“中国科学院奖学金”，是指中国科学院设立的各类优秀奖学金。按照院设立及冠名联合设立的相关意愿和要求，由国科大及中国科学院研究生教育基金会统筹安排，按年度通知各研究所进行申报，并组织评选发放。包括中国科学院优秀博士学位论文奖、中国科学院院长奖学金、吴瑞奖学金、地奥奖学金等。