神经所电子显微镜室建立于1980 年，其前身是脑研究所电子显微镜室。目前该实验室配备了三台精密电子显微镜：80 kV透射电子显微镜（Joel JEM-1230）、120 kV透射电子显微镜（FeiTalos L120C）、场发射扫描电子显微镜（FE-SEM ZeissGemin300）。同时还拥有完整的神经生物学超微结构研究样品制备系统：自动条带采集超显微切片机（ATUM, RMC）、高压冷冻系统（Leica EM HPM100）、冷冻替代仪（Leica EM AFS2&FSP）、超薄切片机（Leica UC7/UC6）、低温切片系统（Leica EM FC6）、真空镀膜仪（Quorum, Q150T）、临界点干燥仪（Leica EM CPD300）、辉光放电清洗仪（PELCO easiGlowTM 91000）等组织学相关设备，探索EM成像技术在神经元系统中的应用，以便所有研究人员阐明超微结构和功能之间的关系。近年来，该技术团队一直致力于高质量的样品制备和观察方案的研究。
电子显微镜是目前应用最广泛的科学研究之一，作为形态观察研究的工具，电镜具有极高的分辨率及原子级的观察尺度。透射电子显微镜（TEM）主要是利用透射电子成像，因而要求样品较薄（100 kV时，样品厚度不超过 100 nm，通常为 60 nm 左右），需要超薄切片技术支持，超薄切片的制备是电镜技术的关键，需经过前固定、后固定、脱水、浸透、包埋、切片及染色等一系列过程。扫描电子显微镜（SEM）主要是利用二次电子成像，能直接观察较大体积样品表面的三维立体结构，有很大的景深，视野大，成像富有立体感，可直接观察各种试样凹凸不平表面的细微结构。电镜观察样品能获得高分辨率的超微结构图像，不仅可用于形态学分析，而且还可以结合元素分析、图像处理、三维重构等分析技术为生命科学研究、临床医学研究提供必要的数据依据，是目前细胞生物学、病理学、生理学、组织胚胎学等学科不可缺少的研究技术。
脑智中心电镜技术平台主要服务于中心内科研人员，也对所外人士开放，实行有偿服务，欢迎广大研究人员前来使用。
