1999年11月27日，中国科学院神经科学研究所，蒲慕明任所长。 

　　　　2000年9月1日，独立承担科技部973项目《脑发育和可塑性的基础研究》。 

　　　　2003年11月29日，率先在国内开展第一次研究组国际评估。 

　　　　2007年8月7日，神经科学国家重点实验室批准筹建。 

　　　　2009年3月7日， 获得中国科学院稳定支持试点（至今唯一获得稳定支持的单位）。 

　　　　2009年6月1日，成立非人灵长类研究平台。 

　　　　2011年1月1日， 牵头承担科技部973计划重大科学问题导向项目《人类智力的神经基础》。 

　　　　2011年7月19日， 神经科学国家重点实验室首次参加评估，评估结果为优秀，全国生物领域全国第一。 

　　　　2012年1月12日， 《神经发育与可塑性研究》获得2011年中国科学院杰出科技成就奖（集体）。 

　　　　2013年7月10日，部分实验室搬迁至生命科学实验楼。 

　　　　2014年1月21日， 中科院依据“率先行动”成立“中国科学院脑科学卓越创新中心”。 

　　　　2014年8月21日， 中国科学院灵长类神经生物学重点实验室批准建设。 

　　　　2015年6月5日， 根据中科院党组精神，实现脑科学与智能技术的交叉融合，更名为“脑科学与智能技术卓越创新中心”，成为国际上第一个脑科学与智能技术交叉融合的研究实体单位。  

　　　　2017年6月29日，神经科学国家重点实验室参加评估，评估结果为优秀。  

　　　　2017年11月27日， 世界首例体细胞克隆猴“中中”诞生。  

　　　　2018年2月25日， 国际灵长类脑研究中心成立。  

　　　　2018年7月18日，G60脑智科创基地成立。  

　　　　2019年5月27日， 经中央编办批准，中国科学院正式设立公益一类的脑科学与智能技术卓越创新中心。  

　　　　2020年3月16日，取得事业单位法人证书。  

　　　　2020年6月19日，非人灵长类猕猴平台从苏州搬迁至松江。